Formation eGene : enjeux de la génomique et apports de la bio-informatique

Présentation

Formation également accessible en Anglais, pensez à le mentionner auprès de votre conseiller en formation

eGENE couvre la génétique, la génomique et la bioinformatique de tous les organismes vivants, depuis les virus, les microorganismes, les plantes, les animaux, jusqu’à l’homme. 
La génomique est une discipline de la biologie moderne qui a pour objet l'étude du fonctionnement d'un organisme à l'échelle de son génome. 
Elle se divise en deux branches : la génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier, et la génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes en caractérisant le transcriptome, le protéome et le métabolome.

La bio-informatique est constituée par l'ensemble des concepts et des techniques nécessaires à l'interprétation informatique de l'information biologique générée en génomique.

Elle comprend entre autre : la bio-informatique des séquences, qui traite de l'analyse de données issues de l'information génétique contenue dans la séquence de l'ADN ou dans celle des protéines qu'il code. 

Objectifs

• eGENE consiste à explorer les frontières entre ces disciplines
• Former les ingénieurs à la démarche intellectuelle et aux techniques expérimentales liées à la génomique et l’analyse des données qu’elle génère.
• Former les ingénieurs aux techniques informatiques liées aux traitements et à l’intégration des données issues des approches globales à haut débit comme la génomique et la post génomique et à la biologie computationnelle.
• La mise en pratique des démarches sera réalisée par l’analyse concrète de problématiques biologiques.

Méthodes pédagogiques

Cours et travaux dirigés, travaux pratiques et visites de plateformes, intervenants extérieurs

Contrôle des connaissances

La note totale du module se décompose en deux évaluations :
50% de la note est établie par une synthèse d’article et présentation orale
50% de la note vient de compte-rendu de travaux et de projets.

Responsable de la formation :

F. REGAD

Contenu de la formation

Unité 1 : Structure du génome

Les grands projets de séquençage génomique, les technologies de séquençages de nouvelle génération et stratégie de séquençage associées

Unité 2 : Transcriptome

Les analyses à haut débit de l’expression génique : PCR quantitative, RNA-seq et expérimentation.

Unité 3 : Protéome et Métabolome

• Les méthodologies d’analyses en masse des protéines : l’approche protéomique.
• Les méthodologies d’analyses en masse des métabolites : l’approche métabolomique.

Unité 4 : Exploration fonctionnelle

La génomique fonctionnelle et les stratégies pour décrypter la fonction des gènes.

Unité 5 : Premiers pas en bioinformatique

Initiation à l’environnement UNIX/LINUX. Programmation en bioinformatique et programmation structurée.

Unité 6 : Bioinformatique des séquences

• Banque de données généralistes et spécialisées. Analyse et comparaison de séquences.
• Caractérisation de familles de protéines, structure et phylogénie.

Unité 7 : Bioinformatique pour la génomique et la post-génomique

Méthodes d’annotation de génomes. Traitement des données issues des approches expérimentales à haut débit.

Condition d'accès

Personnes concernées : 

Ingénieurs, Techniciens supérieurs

Prérequis :

Bac+2

Lieu(x) de la formation

• Auzeville-Tolosane

Contact(s) administratif(s)